El diseño de la estructura organizacional del Colegio San Francisco Javier obedece al Modelo de Gestión Escolar del MINEDUC, ya que un Colegio como el nuestro, de dependencia particular subvencionado, gratuito, sin lucro y sin selección, es financiado completamente con recursos del estado y la forma de rendir cuentas por el uso de estos recursos de manera pública, obedece a las distintas áreas estratégicas que define este modelo.
En este sentido, haber diseñado la forma de organizarnos y gestionar el Colegio siguiendo este modelo, ha tenido como propósito que esto sea una oportunidad que se pone al servicio de implementar nuestro Proyecto Educativo Institucional (PEI) y de cumplir nuestra misión y los objetivos y metas declaradas en el Plan de Mejoramiento Educativo (PME).
Debemos compartir además, que el Área estratégica de Pastoral de nuestro Colegio, se insertó a este modelo, acorde a nuestro PEI y por lo tanto se implementa de acuerdo al mismo modelo de gestión (sigue la misma estructura) y conforme a eso se integra al PME y a la rendición de cuentas de uso de recursos.